In Klinik und Praxis erfolgt der Virus-Nachweis bzw. Antigen-Nachweis mittels einer (Reverse Transcription) Polymerase Chain Reaction (PCR oder RT-PCR genannt).
Die Polymerase-Kettenreaktion (englisch polymerase chain reaction (PCR)) ist eine Methode, um Erbsubstanz (DNA) in vitro zu vervielfältigen. Dazu wird das Enzym DNA-Polymerase verwendet. Die Bezeichnung Kettenreaktion bedeutet in diesem Zusammenhang, dass die Produkte vorheriger Zyklen als Ausgangsstoffe für den nächsten Zyklus dienen und somit eine exponentielle Vervielfältigung ermöglichen. Die PCR wird nicht nur für die Erkennung der Covid-19 Infektion genutzt, sondern auh zur Diagnostik von Erbkrankheiten und für das Erstellen und Überprüfen genetischer Fingerabdrücke, für Abstammungsgutachten und auch für das Klonieren von Genen verwendet.
Die Reverse-Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion (englisch reverse transcription polymerase chain reaction, kurz RT-PCR) ist die Kombination von zwei Methoden der Molekularbiologie – die Nutzung der Reversen Transkriptase (RT) und der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) – um RNA nachzuweisen, weil das Covid-19 Virus RNA enthält und diese zunächst mittels der Reversen Transkriptase in für die PCR geeignete DNA "zurückgeschrieben" werden muss.
Der Ct-Wert bzw. Ct-Wert, abgekürzt für engl. cycle threshold (wörtl. „Zyklus-Schwelle“), ist eine theoretische Größe, welche diejenige Stelle beschreibt (normalerweise auf der waagerechten Diagrammachse), an der das exponentielle Wachstum einer Kurve beginnt.
Die Größe spielt vor allem für die Quantifizierung von DNA-Molekülen während einer PCR eine Rolle. Hier beschreibt der Ct-Wert den Teil der Kurve, in dem die Fluoreszenz erstmals exponentiell über den Hintergrund- bzw. Schwellenwert (auf der senkrechten Diagrammachse) ansteigt. Je mehr DNA (RNA) vor der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) in der Probenlösung vorlag, desto mehr Kopien entstehen in den Polymerisierungszyklen, und umso schneller kommt es zu Fluoreszenzsignalen, und dementsprechend eher übersteigt die Fluoreszenz den Schwellenwert. Ein Vergleich des Ct-Wertes zweier Proben zeigt, welche vor der Amplifizierung mehr DNA enthielt, vorausgesetzt beide Amplifikationen erfolgten mit gleicher Effizienz. Der Ct-Wert ist somit ein Wert für die Virusmenge im Patienten: Ein niedriger Ct-Wert zeigt viele Viren (und hohe Ansteckung) an, ein hoher Ct-Wert hingegen spricht für eine geringerer Virusmenge auf der Schleimhautoberfläche.